Spartan软件能够进行分子动力学仿照，以下是通常的使用步骤：

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1.构建分子模型：

使用Spartan的分子编纂工具构建分子模型，并对其进行优化
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。优化实现后，将构象保留为Spartan所支持的文件体式（例如SDF或Mol2）
。

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2.设置仿照参数：

在Spartan的仿照设置菜单中，选择分子动力学仿照，并设置仿照参数，蕴含温度、压力、功夫步长、仿照功夫等
。

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3.增长力
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在Spartan中增长力场，以界说分子间的相互作用
Ｄ芄皇褂肁MBER、CHARMM、OPLS等多种力场
。同时还能够界说键长、键角、二面角、Lennard-Jones势能等分子力场参数
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4.运行分子动力学仿照：

设置好参数后，点击运行按钮，起头分子动力学仿照
。在仿照过程中，Spartan会推算分子的活动、构象变动、反映蹊径等过程
。

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5.可视化和分析：

Spartan能够显示分子的结构、性质、反映蹊径等信息
。用户能够使用多种图表和图形来出现数据，蕴含能级图、构象图、电荷密度图等
。

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在进行分子动力学仿照时，必要把稳选择适当的力场和优化算法，以及相宜的仿照参数
。仿照了局也必要进行分析和诠释，以提供有关分子性质和反映机理的深刻理解
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