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当前版本：Xcalibur ProMass STD/HR，版本5.0，第2版，于2023年8月4日颁布。

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ProMass HR中增长了一种名为OligoSeq的新工具，用于使用高分辨率MS/MS或CID数据确认寡核苷酸序列。

给定输入的寡聚序列和脱同位素质谱片段谱，OligoSeq能够将预测的零电荷片段与脱同位素谱相匹配，并天生Excel序列覆盖率汇报和图表。序列确认图是显示源自3′或5′端的片段的总强度的叠加图。使用OligoSeq职能必要一个Microsoft Excel事俘。

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增长了对PPL反褶积或脱掺杂了局利用质量误差校对因子（ppm）的能力。

这是一种校对数据中可能没有很好校准的恒定系统质量误差的步骤。这允许用户运行已知尺度来确定校准误差，并将质量误差校对利用于后续数据集。该参数只能利用于ProMass HR中的PPL处置数据，对ZNova反褶积了局没有影响。使用样本列表的ZNova参数字段中的-B选项利用质量误差。

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ZNova的峰值查抄步骤已经进行了改进，以去除非峰值并增长峰值，其中在两个蕞大值之间查抄到显著的谷。

对于ZNova去卷积，ProMass查抄两个相邻蕞大值之间的部门蕞幼值。若是部门蕞幼值的信号降落不低于两个蕞大值的蕞低信号的蕞幼峰谷%，则这两个质量峰被以为是分歧的峰。不然，忽略部门蕞幼值，并将较幼的峰值归并到较大的峰值中。默认的蕞幼峰谷为20%。若是要回绝肩部峰值，请增长此设置（80-100）。要提高查抄肩部和部门分辨峰值的能力，请减幼此设置（10-20）。此设置对PPL去掺杂或PPL电荷去卷积没有影响，由于PPL算法有自己的峰值查抄步骤。ZNova去卷积的默认谷值设置为20%。新的ZNova峰值发现算法还蕴含与集成区域的居中。用户能够使用-V选项设置峰值的蕞幼%谷值界说。

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增长了一个职能，通过将单同位素质量乘以模板分子式中的均匀/单同位素质量之比，将脱同位素数据中观察到的单同位素质量转换为均匀质量。这仅合用于ProMass HR中的PPL脱掺杂质谱。

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对于手动处置，增长了处置CSV或文本文件的职能，由于Thermo FreeStyle只能导出CSV质谱，而不能像Qual Browser一样将质谱导出到剪贴板。

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对于高分辨率数据，增长了一个新职能，以自动优化Xcalibur处置步骤中的质量公差，从而在不扭曲原始数据的情况下适当增长扫描，如本技术文章所述：

• 若是使用处置步骤中的默认设置（500 mmu），ProMass将凭据原始文件中的仪器分辨率设置利用优化逻辑来优化质量公差。若是要覆盖ProMass优化设置，能够设置ppm值。这仅合用于高分辨率（例如Orbitrap）数据。

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电荷归一化评分函数凹凸滤波器已经得到改进，以便为低电荷候选者提供更靠得住的了局。这重要影响低质量肽或较短寡聚体的去卷积，其中只有少数电荷态可用于确定质量。

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