三维分子建模与可视化软件

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• 使用ChemDoodle 3D进行分子动画仿照
• ChemDoodle 3D v7.1.1颁布：加强HyperChem HIN文件支持，建改关键场景文件读取问题
• 正式颁布：分子建模工具软件ChemDoodle 3D新版本7.3.0
• 正式颁布：ChemDoodle 3D v7.5版本新个性与问题建改解析
• 分子建模工具ChemDoodle 3D 已颁布V7.6版本

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iChemLabs一向致力于为化学家出产高质量、经济实惠且可持续的工具。创建化学信息学和化学图形软件。制品蕴含ChemDoodle 3D、化学涂鸦2D、ChemDoodle?Web组件等几款化学工作工具。产品被Global数千家机构使用，1xBET工作为行业中一些沉要的工具和公司提供动力。

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化学的新视角

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• 俏丽的科学模型

我们花了很长功夫仔细查抄ChemDoodle 3D中天生的模型。在旋转渲染图时，仔细观察渲染图，以观察债券朝向相机的方向；场景中的每个对象网格都是为了与其他网格归并而构建的。

• 整个可指定

ChemDoodle 3D中的整个渲染都由您界说的形状节造。这些形状能够利用于整个场景、选定的内容或单个对象。

• 高档文本系统

ChemDoodle 3D的高档3D图形引擎能够美丽地渲染文本。使用它来显示原子标签和更多。您能够自己节造字体、大幼和色彩。

• 自界说元素色彩集

除了预约义的Jmol、Rasmol、PyMOL和CDK色彩集，您还能够手动界说自己的元素色彩集以利用于分子渲染。

• 预测

正交投影和透视投影都可用，并且能够即时切换。

• 通明度

它们让你看穿场景中的物体。ChemDoodle 3D允许你渲染有背面或没有背面的通明物体。

• 表表

ChemDoodle 3D可以为肆意数量的原子天生多种表表类型和色彩函数。用其他编纂无法做到的方式来可视化你的结构空间。你能够自界说网格算法，显示类型，法线，色彩等等。有分歧类型的表表可供选择，蕴含范德华表表(VDW)、溶剂可及表表(SAS)和溶剂不成及表表(SES，Connolly)。

• 轨路

查看基于量子数的原子轨路模型轨路幼部件。好多选项可用于自界说图形，而后能够输出到图像。这是观察分歧轨路状态的好步骤。

• 伽马校对

伽玛校对会扭转图形的亮度模式，以赔偿显示器的非线性亮度物理个性。ChemDoodle 3D默认尺度值为2.2，但是您能够凭据您的屏幕进行适当的更改。

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轻松创建超真切的图像、草图、卡通、绘画和更多艺术插图

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• 着色器法式

着色器法式是发送到显卡的关于若何天生3D图形的指令。ChemDoodle 3D为您提供了几个内置着色器来渲染您的图形，以创建塑料等真切的形状和卡通等不真实的形状。ChemDoodle 3D中的着色器还提供了其他职能，如概括和阴影。

• 渲染器

渲染器是一个齐全的过程，在这个过程中，我们使用一个或多个着色器与显卡进行通讯，以天生图像。在单一的过程中，只需对显卡进行一次挪用，我们就能够传入场景数据，并用一个着色器法式天生一幅图像。这就是我们所说的正向渲染器。在ChemDoodle 3D中，你会发现3种分歧类型的渲染器的形状:(1)正向渲染器(2)Yan迟渲染器和(3)后效渲染器。

• 抗锯齿

删除锯齿可删除图形中粗糙的像素边缘(称为锯齿)。ChemDoodle 3D支持硬件(MSAA)和软件(FXAA)抗锯齿。

• 阴影

可定造的实时动态阴影为您的图形增添了强烈的真实感。

• 3D纹理

纹理将曲面形状利用于场景中渲染的对象。这是通过界说一些三维图案来实现的，类似于你在一块木头上切割时看到的三维图案。而后，凭据这种模式造作出对象来天生图形，这样您就能够天生很多有趣的形状。从花岗岩纹理、木材、条纹等多种材质当选择。

• 蒙上水汽

使用线性、exp1和exp2算法界说雾化。借助这些职能，为您的图形赋予难以相信的深度，或专一于特定部门。

• 屏幕空间环境光遮蔽

屏幕空间环境光遮挡(SSAO)仿照3D对象的角落和裂缝中环境光的遮挡。若是你看你房间的角落，它会比墙的中央看起来稍微暗一点。这种技术大大增长了图像的真实感，并极大地有助于对地形的感知。这种技术在ChemDoodle 3D中是可定造的。

• 景深

景深effect聚焦在场景的特定部门，仿照用相机镜头造作的图像。您能够界说起头和实现聚焦深度，以及未聚焦吞吐和放大effect的水平。

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通过物理仿照与您的结构实时交互

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• 实时优化

ChemDoodle 3D的分子建模法式能够实时运行(使用不放在眼里的人widget)，这样你就能够在构建分子的同时与分子进行交互，或者轻松地在构象之间进行转换。1xBET建模引擎急剧，让您能够急剧天生有关的三维坐标，为您建造的结构。

• 正确的力场实现

ChemDoodle 3D蕴含几个已颁布力场的实现。

• 默克分子力场

Merck分子力场(MMFF94)及其静态变体(MMFF94s)都能够在ChemDoodle 3D中正的确现。使用这个力场天生尝试上正确的几何图形，用于丈量和推算。

• 领域

大无数幼分子力场是为描述单个离散分子结构而优化的。因而，ChemDoodle 3D将在您编纂分子结构时辰别优化它们。但是，您可能但愿同时优化几个离散的分子结构以及它们之间的关系。为此，能够更改优化领域来优化整个场景。

• 原子分型

原子分类是正确应使劲场的沉要一步。你能够看到在ChemDoodle 3D中为你使用的特定力场界说了哪些原子类型。您还能够输出atom类型用于其他利用法式

• 强造渲染

力能够被渲染以显示给定力场梯度推算时辰子将若何变动。

• 算法通明性

除了向您显示原子类型和力矢量推算，ChemDoodle 3D还会通过提供描述性谬误和忠告，让您知路结构何时与特定力场不兼容。使用所有这些信息作为靠得住性和参考。

• 并行处置

并行处置允许您使用多核CPU的能力来加快推算速度。ChemDoodle 3D中的力场是专门为并走运行而设计的。这意味着你的结构，通常必要x秒进行优化，此刻只必要几分之一x几秒钟优化。当您想要处置大型结构或系统的优化时，请在ChemDoodle 3D中启用并行处置。

• 齐全文档

分子建模新手？别不安。我们有整整一章ChemDoodle 3D用户指南致力于分子建模及其实现。你很快就会优化结构。

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电脑上的加强现实

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• 立体图

立体图像是一种立体视觉技术，用于从2D图像向1xBET眼睛显示3D空间中的图像。它通过在分歧的色彩空间中为每只眼睛的视角渲染场景来工作。而后用特殊的眼镜过滤掉每只眼睛的图像，这样一只眼睛就看不到另一只眼睛看到的器材。而后，1xBET大脑将两幅图像拼接在一路，观察3D空间中的场景。

• 五金用具

通过支持红-青、绿-品红和琥珀-蓝立体眼镜，能够实现立体图像，能够从在线零售商那里便宜地采办。

• 用户化

Dubois步骤已经实现了舒服的立体视觉effect，您能够节造焦距和眼睛间距参数来定造您喜欢的立体视觉effect。

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导出您为3D打印和其他CAD利用法式创建的对象

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• 模型文件

将您的ChemDoodle 3D文章导出为多种盛行的3D模型文件类型:

1.3D造作体式{.3mf}

2.附加造作文件体式。amf}

3.COLLADA数字资产买卖所。dae}

4.可扩大三维图形{.x3d}

5.多边形文件体式。ply}

6.立体平版印刷术。stl}

7.虚构现实建模说话。wrl}

8.波前对象文件。obj}

• 职能和支持

ChemDoodle 3D尽可能支持每种体式，蕴含网格、法线、材质、通明度、色彩和多色。

• 选择

还实现了特定于体式的选项，例如STL和PLY文件的二进造和ASCII支持，以及VRML文件的缓存和压缩。

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在3D中构建和可视化您的分子

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• 直观节造

ChemDoodle 3D的构建控件能够清澈地仿照它们治理的原子和键。提供丰硕的视觉反馈；褂泻芏嘌∠钅芄黄揪菽陌枚ㄔ旃菇üぞ。

• 选择

直观的选择工具允许您急剧跟踪、选择和编纂3D对象。为了越发正确，请使用选择器幼部件，用于组织场景中的所有对象，允许您正确地调查和选择内容。

• 优化区域

在构建3D结构时，ChemDoodle 3D会自动建议三维空间中增长原子衔接的Zui佳地位。这有助于你急剧构建分子。而后你能够单一地打开幼化器来优化物理坐标。没有其他法式有像ChemDoodle 3D这样的优化区域！

• 显示标签

ChemDoodle 3D的图形引擎能够美丽地渲染文本。使用它来显示原子标签。您能够节造字体、大幼和色彩。

• 属性

界说原子的电荷、原子团和同位素质量值。这些值也能够正确地读入和写入化学文件体式。

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大大幼幼的3D科学图形！

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• 大分子传输体式

ChemDoodle 3D还支持RCSB大分子传输体式，以令人难以相信的速度输入带有齐全债券挨次信息的蛋白质数据库文件。

• 核酸阶梯模型

产生正确的核酸阶梯模型。这些模型能够着色，并通过形状节造。例如，您能够调换骨架厚度或平台高度。

• 插值算法

ChemDoodle 3D能够使用B样条算法或Catmull-Rom算法来天生模型。Catmull-Rom样条曲线创建更正确的模型，但是B样条曲线算法产生更滑润和更美观的了局。

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无限沉复化学

• 结晶学信息体式

ChemDoodle 3D从CIF文件中读取周期性数据，能够解析点群和对称性。提取对称几何状态的晶胞。

• 单元细胞和表推超细胞

渲染单元单元，并能够天生超单元。使用正交投影获得好的视图。

• nanotubes

构建扶手椅型、之字形和手性?nanotubes，有多种选择。?nanotubes的周期性系统是自动产生的。这是为其他利用输出?nanotubes几何状态的好步骤。

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操作系统：支持Windows、macOS和Linux

系统要求：

• Windows Vista/7/8/10/11+，macOS 10.11+ (El Capitan、Sierra、High Sierra、Mojave、Catalina、Big Sur、Monterey、Ventura或更新版本)，或Linux。
• 必要64位(x86_64或Apple Silicon)处置器。
• ChemDoodle 3D必要OpenGL v2.1驱动法式。
• 不低于1GB的内存。

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【英文介绍】

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iChemLabs is committed to producing high-quality, affordable and sustainable tools for chemists. Create chemical informatics and chemical graphics software. Products include ChemDoodle 3D, ChemDoodle 2D, ChemDoodle Web components and several other chemical working tools. Products are used by thousands of organizations worldwide, and our work powers some of the most important tools and companies in the industry.

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A new perspective on chemistry

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• Beautiful Scientific Models

We spend a very long time scrutinizing the models generated in ChemDoodle 3D. Take a close look at the renderings as you are rotating them to watch bonds orient towards the camera; every object mesh in the scene is built to merge with the others;

• Completly Customizable

All of the rendering in ChemDoodle 3D is controlled by styles defined by you. The styles can apply to the entire scene, selected content or individual objects.

• Advanced Text System

ChemDoodle 3D’s advanced 3D graphics engine can render text beautifully. Use this to show atom labels and more. You have full control over font, size and color.

• Custom Element Color Sets

In addition to the predefined Jmol, Rasmol, PyMOL and CDK color sets, you can also manually define your own elemntal color set to apply to molecule rendering.

• Projections

Both orthographic and perspective projections are available and can be switched instantly.

• Transparency

Transparency effects are just that, they let you see through objects in the scene. ChemDoodle 3D allows you to render transparent objects with or without back faces.

• Surfaces

ChemDoodle 3D can generate a number of surface types and color functions for any number of atoms. Visualize the space of your structures in ways other editors cannot.You can customize mesh algorithms, display types, normals, colors and more.Different types of surfaces are available, including van der Waals (VDW), solvent accessible surfaces (SAS) and solvent excluded surfaces (SES, Connolly).Color your surfaces through various functions to provide a physical perspective on the structure. Functions include by atom color, charges (Gasteiger, QEq, QTPIE), lipophilicity (AlogP98) and molar refractivity (AMR98).

• Orbitals

View atomic orbital models based on quantum numbers with the?Orbitals?widget. Many options are available for customizing the graphics, which can then be output to an image. A great way to view the different orbital shapes.

• Gamma Correction

Gamma correction alters the brightness model of the graphics to compensate for the non-linear brightness physics of your monitor. ChemDoodle 3D defaults to a standard value of 2.2, but you can change this as appropriate for your screen.

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