问：Canoco 5 能否分析我蕴含 20,000 个样本和 600 个物种的数据集
？

答：是的，能够，还能处置更大的数据！在幼我推算机上分析的数据规模总是有限的，但在版本 5 中，Canoco 软件自身只设定了 1670 万行和 1670 万列的数据表限度，这通常不组成问题

。然而，电脑系统会施加更严格的限度，出格是在 32 位 Windows 上

。尺度利用法式在 32 位 Windows 中总共无法分配超过 2 GB 的内存，但 Canoco 5 通过特殊配置，在正确调整 Windows 设置后，可将其数据空间扩大到 3 GB

。单个陆续内存块的大幼不能超过约 1 GB，因而 Canoco 5 的数据表条款数被限度在约莫 1.34 亿条

。另一个常见的限度通常来自处置器速度，使得分析真正重大的数据时速度会变得很缓慢（但您能够铺排推算机整夜运行）

。

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问： Canoco 5 与 R 中的 vegan 包相比若何
？

答：R 中的 vegan 包实现了 Canoco 5 提供的大无数步骤以及一些额表的步骤

。由于 R 是一个盛开系统，那些在 vegan 中缺失的 Canoco 步骤能够在其他有关或不有关的包中找到

。然而，R 环境重要是面向指令行的，导入数据、执行分析或创建单一的排序图都必要挪用函数指令，并且通常必要从复杂的函数参数集中进行正确选择

。我们以为 R 环境很适合拥有统计学布景的生态学家，但对于专一于自身钻研主题的钻研人员来说，在 R 环境中使用 vegan 包进建曲线峻峭，这对于那些在野表或尝试室工作较长功夫后沉新评估数据的人来说，可能必要反复进建

。Rcmdr 包提供了一个相对更用户敦睦的界面，结合 DiversityR 包，能提供 vegan 中部门多元步骤，但仅是一个有限的子集，不蕴含所有高阶步骤和高阶选项

。

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问：若何从分析中忽略样本或响应变量
？

答：当您在特定用户帐户上起头使用 Canoco 5 时，Analysis Setup Wizard 会以所谓的 QuickWizard 模式显示

。这反映在 QuickWizard 按钮（鄙人图快照中用红色矩形框标出）显示为按下状态

。

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每当您想要忽略（或加权）样本或响应变量时，必须在创建新分析之前（例如，点击分析列表下方的 New 按钮）或在更改现有分析的选项之前（例如，点击 Modify 按钮，而后选择 Replace in existing analysis），通过单击一次此按钮（其表观会变为扁平）来关关 QuickWizard 模式

。

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关关 QuickWizard 模式后，Analysis Setup Wizard 会显示更多页面，蕴含 Response and Explanatory Data 页面：

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若是您选中（如上图所示）一个或两个标有 “Select”... 的复选框，设置向导随后将显示相应的页面，您能够在其中为分析选择一部门样本和/或响应变量

。

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要沉新切换回 QuickWizard 模式，请再次单击工具栏中的统一按钮（这是一个切换按钮）

。

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您能够使用菜单 Project | Groups | of ... 来界说样本组和变量组，而后在设置向导的相应项目选择页面上使用 From group 按钮来选择或忽略属于特定组的样本或变量

。

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问： 若何显示/导出排序分值
？

答：排序分值和其他排序统计信息在 Canoco 5 分析中可用，但通常不显示

。当您在特定用户帐户上起头使用 Canoco 5 时，分析笔记本以简略模式显示，仅蕴含汇总页面和创建的图表，而其他信息（排序分值和分析日志）则被暗藏

。要以非简略模式显示分析笔记本，您有两种选择

。较单一的一种是显示当前活动分析笔记本的非简略模式：找到工具栏中显示三本分歧色彩（红-绿-蓝）书籍的按钮并单击它

。这将沉新创建蕴含所有可用页面的分析笔记本

。

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或者，您能够从主菜单当选择 Edit | Settings | Canoco5 options ，并在 Canoco Options 对话框的 General 页面中取缔选中 “Show brief version of notebooks with analysis results” 复选框：

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而后点击 OK 按钮关关对话框

。

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请把稳，已显示的笔记本内容在此选项更改后不会自动更新

。您必须关关笔记本（例如，使用分析列表下方的 Hide 按钮），而后沉新打开它（例如，使用 Show 按钮——对于已关关笔记本的分析，该按钮会代替 Hide 按钮）

。在暗藏和沉新显示分析笔记本时，请把稳，若是界说了多个分析并且某个分析笔记本被暗藏，焦点通；崆谢坏搅硪桓龇治

。因而，要沉新打开原始分析的分析笔记本，您必须在分析列表中沉新选择它

。

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分值页面中显示的分数能够复造到剪贴板，并在 Canoco 5 法式内或法式表进一步使用

。有两个高低文菜单用于复造选定的分数列：Copy scores 将按分数页面中看到的样子复造表格内容，而 Copy expanded 则将行集与项目中存在的相应数据项（样本、响应变量等）集对齐：当您但愿将推算出的分数作为新数据表复造到项目中时，这一点很沉要（某些数据项可能在分析输出中缺失，而因子变量会天生多组分数）

。

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为什么在 Analysis Setup Wizard 中响应数据转换职能被禁用
？

您可能要对数据进行主成分分析，并但愿对 PCA 中使用的变量值进行对数转换

。但当您达到设置向导的相应页面时，对数转换不成用：

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为什么会这样
？重要有两种可能性：

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(a) 您的数据表类型被谬误地指定为 general，而它现实上是 compositional 类型

。 数据表类型是在数据导入时指定的，您可能犯了谬误

。compositional 数据表沉要的个性是其所有变量（列）都以一样单元丈量，并且对每个样本（表格行）内的值求和是有意思的

。例如，每列可所以一个生物物种，值是每个物种在每个样本中的丰度或生物量估计值

；蛘，列可所以分歧类型的磷脂脂肪酸，值是它们在分歧样品中的浓度

。若是是这种情况，您能够通过在 Canoco 5 工作区左上角区域选择数据表（如下图所示中的 Table 2），而后选择菜单 Data | Change table kind to ‘compositional’ 来更改表格类型

。

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(b) 或者您的数据表被正确地指定为 general 类型

。 此类数据表的分歧列以分歧单元丈量，或者——即便单元对所有列都一样——对它们求和依然没有意思

。很多表征群落采样环境的数据集（例如水质分析了局、泥土化学分析了局等）就是这种情况

。在这种情况下，您依然能够指定变量的转换，但必须为每个变量单独指定（由于很可能选择的转换会因变量而异）

。这些转换能够通过在 Canoco 5 工作区左上角区域选择有关数据表，而后从 Canoco 5 菜单当选择菜单 Data | Default transformation and standardization 来指定

。此指令会显示以下对话框，您能够在其当选择各个变量（因子变量之表），而后选择适当的转换

。现实上，Canoco Adviser 会尝试建议转换类型，但其思考限于在 “No transformation” 和对数转换之间进行选择（在后一种情况下会建议适当的常数）

。

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设置了默认转换后，无论何时在分析中使用有关变量（无论是作为响应变量还是作为预测变量——诠释变量、补充变量或协变量），城市利用这些转换

。为了确保这一点，您能够返回 Variable Transformations 对话框进行查抄，或者能够查抄分析笔记本的 Log 选项卡

。

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