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CodonCode Aligner是一个易于使用的法式
，用于Windows和Mac OS X的序列组装、沉叠群编纂和凸起检测。支持使用Phred进行碱基挪用、结尾剪怯注向量建剪、按名称组装、与参考序列比对、比对沉叠群、杂合子插入和删除分析等等。

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使用CodonCode Aligner进行序列组装

CodonCode Aligner是一个易于使用的法式
，用于序列组装、沉叠群编纂和突变检测。职能蕴含：

• 多序列组装和序列比对算法

• 手动和自动序列编纂

• 将沉叠群彼此对齐
  ，只需双击即可返回底层跟踪数据

• 参考序列和差距表

• 敏感突变检测

• 杂合插入缺失分析的高档步骤

• 自动化工具：按名称和剧本组装

• 限度性克隆、RFLP分析、引物设计

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Aligner与Phred-Phrap兼容并支持序列质量评分、同时提供熟悉且易于进建的用户界面。如以下屏幕截图所示：

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使用CodonCode Aligner
，您能够：

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• 从文本文件导入序列? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 从ABI、SCF和FASTQ文件导入序列

• 实现剪辑? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?矢量建剪

• 组装沉叠群? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?与参考序列比对

• 将沉叠群彼此对齐
  ，同时维持与痕迹的链接? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 凭据样本名称组装或分组对齐

• 寻找杂合突变? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 分析杂合子插入和删除

• 引物设计? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?在用户界说的特点之间急剧导航

• 天生系统发育树和限度图? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?直接从Aligner项目运行Phred和Phrap

• 导出序列和特点? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?查看差距表和蛋白质翻译

• 寻找用于RFLP分析的酶并创建虚构凝胶? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 分析甲基化序列并查看原始跟踪数据? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

• 打算和可视化限度性克隆步骤? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 分离等位基因

• 界说感兴致的区域（“特点”）
  ，例如低质量共识区域? ? ? ? ? ?组装细菌基因组和幼型NGS测序项目

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CodonCode Aligner让您能够充分利用现代算法进行碱基挪用和序列组装
，而无需胁迫您进建复杂的号令行选项或Perl编程。

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【英文介绍】

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CodonCode Aligner - DNA Sequence Assembly and Alignment on Windows and Mac OS X

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Our easy-to-use program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection for Windows and Mac OS X. Supports base calling with Phred, end clipping, vector trimming, assemble by name, alignment to reference sequences, aligning contigs, analysis of heterozygous insertions and deletions, and much more.

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CodonCode Aligner is a program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection, available for Windows and Mac OS X. Aligner is compatible with Phred-Phrap and fully supports sequence quality scores, while offering a familiar, easy-to-learn user interface.

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Sequence Assembly with CodonCode Aligner

CodonCode Aligner is an easy-to-use program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection. Features include:

• Multiple sequence assembly and sequence alignment algorithms

• Manual and automated sequence editing

• Align contigs to each other and get back to the underlying trace data with a simple double-click

• Reference sequences and difference tables

• Sensitive mutation detection

• Advanced methods for heterozygous indel analysis

• Automation tools: assemble by name & scripting

• Restriction cloning, RFLP analysis, Primer design

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