Geneious - 基因组设计与分析软件
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Geneious是一款综合、跨平台的生物信息学软件 ，蕴含操作、发现、共享和索求生物数据 ，例如DNA序列或蛋白质 ，系统进化 ，三维结构信息 ，出版文件等。它的职能蕴含序列比对和系统学分析 ，相接群 ，引物设计和克隆和限度性分析 ，使用NCBI和EMBL ，BLAST ，蛋白质结构查看 ，自动化医学搜索等。它甚至蕴含了一个API ，您能够创建您的幼我生物信息插件。
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Geneious重要职能：
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1. NGS分析和基因组学
使用行业算法（蕴含SPAdes ，TopHat和Minimap2）重新组装Illumina、PacBio或Nanopore读数（配对结尾、条形码）的组装或参考图。数据分析 ，蕴含基因组浏览器、沉叠群可视化、SNP挪用和RNA-Seq表白式。
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2. 序列图和色谱分析
建剪、组装和查看Sanger排序跟踪文件 ，正确的碱基挪用并创建一致序列；蛟げ狻⒛Ｊ健⒎牒捅湟炫灿玫淖远曜；蛐臀⑽佬歉僮远菽夂虾头逯蹬灿煤吞焐任换虮。
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3. 对齐和树构建
使用蕴含MAFFT和ClustalW在内的可信算法对DNA或蛋白质进行成对和多种比对。查看和编纂实时翻译和凸起显示。使用蕴含RAxML和PAUP在内的同业评审算法构建系统树 ，并为公开筹备的图形调整显示设置。
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4. 分子克隆
查看质粒图 ，自动注解矢量并用注解复造粘贴序列。寻找限度站点、消化、衔接和执行Golden Gate ，Gibson和Gateway克隆。设计引物 ，找到CRISPR站点并改善密码。在克隆过程中跟踪汗青和亲子后世谱系。
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5. 搜索、共享和自动化
对NCBI进行批处置BLAST ，并直接搜索GenBank。导入和导出大无数行业尺度文件体式。通过共享数据库集中处置数据进行合作。设置自动化的工作流程 ，以提高效能 ，节造业务流程 ，并削减钻研中的报答谬误。
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6. 通用服务器数据库
更高的节造水平和更高的安全性 ，可通过尺度共享数据库为组织通过数据接见权限。同步存储地位 ，可供多个并发用户接见的通用数据Ｄ芄焕肔DAP等现有身份证基础架构来；つ氖莶⒓蚧嘶е卫。
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7. SnapGene文件导入
将SnapGene*.gna序列文件拖放到Geneious中 ，导入序列及其注解和其他元数据。
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8. CRISPR-CPF1特异性评分
自负地选择CRISPR-CPF1疏导RNA位点使用新的特异性评分 ，这是凭据对您选择的数据库的非指标分析推算出来的。
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9. 智能NGS导入
只需一个单一的步骤就能够将肆意类型的SAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中 ，即便您有分歧的样品和参考序列的混合物。
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10. CRISPR Cpf1选项
增长了CRISPR-CPF1与5' PAM位点的支持。在A和T序列中找到位点 ，并在体内拥有更高的裂解效能。
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11. RNA-Seq表白分析的火山图
在交互式火山图中可视化基因表白 ，能够用来凸起和跳转到差距表白基因。
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12. 限度性位点无表型突变分析
自动鉴别在不影响蛋白质的情况下引入限度位点的编码序列中的点突变。
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13. 美丽的PCA图
拥有更好的标签和新的可视化选项 ，创建美丽的PCA图形。
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14. 创建酶造剂
不再从其他起源获守信息。此刻您能够很方便地创建您自己的酶组。
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15. 更好的FASTQ导入职能
在导入过程中 ，成对读取能够互有关联 ，而Geneious会猜出它们是若何配对的；鼓芄簧柚枚寥〖际。
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16. 为细菌基因组比对更新Mauve插件
此刻蕴含对序列列表的支持和用于沉新排序沉叠群的MCM操作 ，使draft基因组对齐和进行基因组整顿成为可能。
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17. 更好的BLAST服务器治理
一次设置多个BLAST服务器镜像 ，每次搜索时 ，选择较好的。不用每次切换镜像。
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18. NCBI BLAST云支持
有了NCBI BLAST云之后 ，设置您自己的BLAST镜像变得更为方便。若是您以这种方式创建镜像 ，Geneious能够与它衔接起来。
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19. 按索引衔接
衔接序列列表并按索引对齐 ，而不是依照名称对齐 ，这对于归并不全沉叠的成对读取很有效。
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20. 序列列表的CSV/TSV导出
将序列表中的序列连同它们的元数据一路导出到CSV/TSV中 ，这样您就能够将它们放在Excel中或的情况下进前进一步的分析。
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Geneious Prime 2023的新职能
Geneious Prime 2023带来了改进的引物设计和克隆。亮点蕴含引物特异性测试、克隆验证、STAR RNA-seq映射器和CRISPR改进。
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引物特异性测试
通过新的引物特异性测试一步设计指标特异性引物。
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克隆验证
用于在批量质粒验证期间自动进行序列比对的新可视化工具。
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STAR RNA-seq映射器
增长了STAR ，这是一种RNA-seq映射器 ，可执行高度正确的拼接序列比对。
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CRISPR改进
增长了更多PAM和选择单个序列进行特异性测试的能力。
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操作系统：
Windows：
Windows 7、8、8.1、10和11。请把稳 ，Geneious Prime 2020及更高版本不支持32位Windows
把稳：Windows不支持以下插件：TopHat ，Velvet Optimiser
把稳：使用Spades和Flye插件必要Windows 10以及用于Linux子系统
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Linux：
Geneous R10及更高版本：Ubuntu桌面LTS（18.04和20.04）
Geneous R9及更早版本：Ubuntu Desktop LTS 16.04
请把稳 ，Geneous R10及以上版本不支持32位linux。
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MacOS：
支持的Apple操作系统凭据您所运行的Geneious版本而有所分歧 ，如下所示：
Geneous Prime 2020-2022：MacOS 10.11及更高版本
Geneous Prime 2019：MacOS 10.8-10.15*
Geneous R10和R11:MacOS 10.8-10.14
Geneous R9:MacOS 10.6-10.14
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运行Geneous Prime的系统要求：
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这在很大水平上取决于您将使用Geneous Prime的工作类型 ，但至少建议以下内容：
处置器：×86 64-bit
内存：2GB或更高
硬盘：2GB或更多可用空间
Video：1024×768分辨率或更高
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Geneious的解决规划
宽泛的解决规划在幼型生物技术草创企业 ，大型造药组织 ，学术集体以及介于两者之间的人都使用Geneious序列数据治理 ，激励一致性和合作性并加上分析速度。
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生物造药药物发现
从事医治抗体研发的企业在选择Geneious Biologics ，以方便地探查大量抗体序列信息 ，以缩幼对成功候选者的搜索领域并进行更快的更新。
若何运作：Geneious Biologics与Geneious Prime相互操作。云集成使用户能够将序列数据从Geneious Biologics实时传输到Geneious Prime ，反之亦然 ，从而简化了用于下游处置的NGS抗体的传输。
尽量削减在利用法式之间导出NGS和化验数据的必要 ，削减了沉大的数据治理挑战 ，并降低了数据迷失。在Geneious Biologics云平台上治理的工作流是可纪录和可溯源的 ，从而简化了整个药物返现过程中抗体NGS数据流。在云中整合抗体钻研数据还能够减缓信息的可追忆性 ，这是；す丶麵P的思考成分。
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贸易性命科学：
在造药 ，诊断和农业科学等多多领域工作的组织使用Geneious Prime来提高团队的效能并开释序列数据的价值。
若何运作：Geneious Prime的互操作性 ，蕴含API ，插件开发和创建工作流的能力 ，意味着科学能够更快地实现。集中化法式列数据治理和分析可削减团队之间的混乱 ，并很大水平地提高写作的收益。
Geneious Prime提供了市场宽泛的分析工具。方便的分子克隆利用法式是随行业趋向而更新的 ，并且诸如组装 ，比对和BLAST搜索之类的工具在的套件中都可用。用户能够迅速把握Geneious Prime的直观设计 ，从而削减了训练团队的功夫。
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学术与当局钻研
学生 ，学者和当局人员能够节造他们的序列数据并发现有价值的见解。Geneious Prime在赋予科学力量方面的名誉使其成功被引用次数好多的序列分析和治理关键。
若何运行：由于其运行的性 ，Geneious Prime在多多钻研学科中表演着紧要的角色Ｄ芄环奖愕氐既牖蜃籒GS在内的数据类型 ，从而使科学家能够利用新的测序技术 ，并很大限度地利用旧数据集的价值。
系统发育学家能够使用较好的同业评审算法来比对序列和构建树Ｄ芄辉诔⑹允夜ぷ髦吧杓瓶寺≌绞Ｄ芄蛔⒔饣蜃 ，并使用职能的工具检测变异。序列能够对齐和组装。
Geneious Prime是讲授学科基础知识的工具 ，由于它为进建者提供了直观的接触点。
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【英文介绍】
Geneious Prime is the most cited molecular biology and sequence analysis software in the world.
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We at Geneious believe that a mastery of billogy can make the word a better place, from hunab, animal, and plant health, to bioengineering of cleaner industrial inputs and better enviromental management. Geneious bioinformatics software solutions are created from deep expertise and imagination and empower custpmers by turning the difficult into the intuitive and easy.
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Geneious Prime is packed with fundamental molecular biology tools that we've created with input from real scientists around the world. Geneious Prime's molecular biology and NGS analysis tools include cloning, Primer design, and de nove assembly, and can be customized with plugins and algorithms.
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Everything you need, all in one place
Geneious Prime is packed with fundamental molecular and sequence analysis tools that we've created with input from real scientists around the world.
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