核酸序列分析软件，用于引物探针设计与评估

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索求软件

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OLIGO Primer Analysis Software 是设计和分析测序和 PCR 引物、合成基因以及蕴含 siRNA 和分子信标在内的各类探针的必备工具。

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凭据新的近期邻热力学数据，Oligo的搜索算法可找到用于PCR的引物，蕴含TaqMan、高度多沉、一致或简并引物。多文件批处置是可能的。它也是定点诱变的贵重工具。

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对于每个引物或引物对，Oligo的各类分析窗口显示大量有效的数据，例如DNA和RNA二级结构、二聚体形成、假引物和同源新、内部不变性、组成和物理个性。使用Oligo，您能够分析盛开阅读框，以预测蛋白质的分子量 和pKa，并搜索限度性内切酶位点，在DNA中，并且在逆向翻译的蛋白质中。

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该软件版本于1989年面市，历经屡次批改，版本6到版本7变动为全面。Oligo 7能够自动选择多沉引物，批量处置序列文件，自动设计PCR引物以在一次搜索中覆盖多个DNA区域，并自动查找实时PCR的引物/探针组或查找嵌套引物组。寡核苷酸搜索和谈（评分系统）能够具体定造，因而您能够凭据您的特定需要优化了局。Oligo 在 Macintosh 和 Windows 上运行，能够从该站点下载。单击上面的教程链接以查看 Oligo 7 概述和重要窗口屏幕设计。OLIGO的全面职能与其他几种贸易引物设计利用法式相匹配，因而您能够设计用于高通量分析的探针，将它们进行多路复用或专一于一组引物/探针，并针对新的、尚未颁布的利用法式对其进行优化。

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当您启动Oligo时，您必要打开一个序列文件进行分析。使用文件打开菜单或双击序列图表。File-Open窗口，如下所示，让您选择所需的系列文件。

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由于Oligo会打开多种类型的文档，若是它显示其他内容，您能够将对话框设置为“打开为：核酸”。Oligo能够鉴别拥有*.seq扩大名的序列，但是*.txt文件也兼容。选择序列文件后，您将看到序列窗口，如下所示。将鼠标移到该窗口的区域上以进行注明。

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此时，您能够批改序劣注搜索引物/探针或使用分析选项。

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序列编纂：

有两种类型的序列编纂窗口，对于引物或探针编纂，默以为诱变窗口，对于整个序列编纂，默以为全屏编纂窗口。您能够在职一窗口中编纂整个序列以及单个寡核苷酸。每个编纂窗口都蕴含自己的菜单。

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全屏编纂窗口显示整个序列或显示选定的寡核苷酸Ｄ芄辉诖吮嘧牒怂慊虻鞍仔蛄。

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诱变窗口在一行中显示编纂的序列。在这种编纂模式下，您能够通过沉新定位光标，从核算序列切换到蛋白质序列。该窗口还显示不变的发加注密码子概率（插入点的aa）以及显示序列的其他几个特点。

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氨基酸序列中残基的各类色彩代表每个残基的密码子频率。强的发夹环显示在窗口的底部，并在您批改序列时实时沉新推算。一旦序列被接受，您就能够编纂其特点或执行各类搜索和分析。

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特点：

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该窗口允许增长、删除和更改序列特点，通常作为注解与GenBank序列文件有关联。这些特点以图形方式显示在Sequence窗口中，并且是Oligo搜索的组成部门，由于它们能够用作搜索领域。当您使用Oligo保留序列时，这些特点也将保留在一个单一的文本体式文件中。

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Oligo数据库职能

数据库窗口允许您创建和保留用于存储寡核苷酸和寡核苷酸组数据的新数据库。它也是一个缝合多沉搜索供。在寡核苷酸搜索之后，您能够将全数或部门找到的寡核苷酸导入数据库。

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数据库显示为表格。右侧的列显示了每个Oligo的某些分析数据：二聚体自由能、相容性（SC暗示自相容）、引发效能（PE）和Tm值以及相对于思考不匹配（pe和tm）的链接序列值。您能够查抄或选择寡核苷酸苷酸集，而后分析它们的二聚体和发夹或导出到另一个序列。您还能够运行搜索以查找交叉兼容的引物组（多沉数据库）。搜索后，当您选择一组交叉兼容的引物并单击“选择”按钮时，您将得到以下信息：

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一组引物在一个反映混合物中不应互有关扰。数据库有自己的参数，所以与之前的Oligo版本分歧，您能够打开它并分析寡核苷酸，而无需打开父序列文件。实现此操作后，您将无法推算现实 PE 和 Tm - 您只会看到如上所示的破折号。

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通用和省时的选项使多路复造整个集中。

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多路复用集。此处的数据蕴含从3个文件（使用批量搜索选项造作）中搜索时TaqMan引物/探针组的了局。这些集中使用分析-多路复用全数 - 集中 - 查找全数组选项进行多用复用。显示在数据库窗口的底部：

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单击“选项”按钮并查抄该组中的全数寡核苷酸后，您能够看到组#1蕴含来自全数三个序列文件的几何。为注明起见，上面全出了其中一组，#4.它蕴含正向和反向引物（别离为寡核苷酸#10和13）和探针（寡核苷酸#16）。该数据链接到一盒序列文件（Human eIF-4E.seq），如窗口底部所示。请把稳，其他序列文件的一些引物与链接的序列不匹配。这是数据库窗口提供的另一种类型的分析。

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Oligo Primer 分析软件是一个 32 位和 64 位 Java 利用法式，对本地硬件进行了大量编码，以实现高速推算。

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软件要求

推算机类型：建设 Power PC 或 Intel 处置器和 Pentium 或更高版本的 Macintosh

操作系统 Mac：10.3 或更高版本（蕴含 10.5）；PC：Windows 95 及更高版本，蕴含 Windows Vista

磁盘空间和 RAM 要求：别离为 20M 和 128M

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把稳：Oligo 7 合用于新的操作系统，蕴含 Windows 10 和 Mac OS 10.14。?

10.10.5 及以上系统的 Mac 上的 Oligo 必要使用新的 Java 版本。

合用于 Mac 的 Oligo 也能够在Oracle 的合用于 Mac OS 的新 Java 上运行，但为了使其工作，您必要下载这个特殊的 OLIGO 版本并使用 Control 并单击 Oligo 图标来初次启动 Oligo，而后选择 Open from快捷菜单。

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Oligo 可用于运行常见操作系统（蕴含 Windows Vista、Windows 10 和 Mac OS 10）的Macintosh 和 Windows 推算机。该软件不必要特殊硬件。

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