基于MS谱图的高通量N-糖链分析、谱图匹配与碎片分析

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GlycanExplorer是一种高通量生物医治性聚糖表征软件工具
。建设in-silico片段和HRAM糖谱数据库，软件能够高精度鉴别可能的糖链结构
。

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GlycanExplorer是用于生物医治性聚糖表征和定量的一站式软件解决规划
。借助预加载的高分辨率正确聚糖谱数据库，该软件可让您有信息鉴别可能的聚糖结构
。宽泛的数据组织以及交互式图表有助于实现聚糖样品的具体分析，这进一步有助于得出有意思的生物学理论
。

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GlycanExplorer重要职能：

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HRAM糖谱库

GlycanExplorer可包容来自各类医治性糖蛋白的内置HRAM糖谱库，这些糖蛋白用荧光团象征，例如2-氨基苯甲酰胺（2-AB）、Rapi Fluor-MS、普鲁卡因胺（ProcA）等
。

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该软件蕴含各类单克隆抗体（mAb）变体（Cetuximab, Ipilimumab, Infliximab, Pertuzumab, Golimumab, Nivolumab, and NIST mAb）和其他糖蛋白（例如Apotransferrin, Orosomucoid, Ovalbumin, RNaseB等）的光谱库
。

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创建光谱库

除了内置数据库表，GlycanExplorer还允许您创建您感兴致的聚糖的光谱数据库
。您能够导入多个糖链结构，指定它们的尝试细节，存储多个质谱（MS1和MS/MS）及其有关的色谱信息
。为援手您创建高分辨率糖链质谱库，该软件还允许您凭据导入质谱的单个或多个参考离子校准前体和产品离子
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1. 在单个文本文件（示例KCF文件、示例序列文件）中网络组成聚糖结构的KCF（Kegg化学职能）内容/序列
。

2. 指定数据库名称、描述并使用KCF/Sequence文件导入聚糖结构
。

3. 指定仪用具体信息、聚糖特定尝试具体信息（电离技术、碎片化技术、还原结尾荧光团等）和样品入口具体信息（直接注入或分离）
。

4. 导入多糖异性MS1和MS/MS谱图，指定离子种类信息，并通过与多糖特异性in-silico碎片匹配来注解光谱片段
。

5. 一旦成功注解，光谱将被保留并进一步用作汇报候选聚糖结构的参考光谱
。

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高效的LC-MS峰值拾取和校准

GlycanExplorer拥有强且高效的LC-MS和LC-MS/MS数据处置算法，用于检测LC峰，并随后从原始数据中发现分子特点
。该算法能够正确的检测LC化合物及其同位素包络线
。该算法有助于正确分配前体m/z值和MS/MS扫描的电荷状态
。它还使您可能提交质量列表以进行峰检测和遴选
。此职能显著降低了复杂生物样品中低丰度化合物无法检测到LC峰的可能性
。

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若是您的指标生物样品有多个技术沉复，GlycanExplorer允许您在指定的m/z和保留功夫容差内将全数相应技术沉复中的样品检测峰对齐
。此职能可援手您找到全数沉复中普遍检测到的有效峰并抛弃不一致的峰
。

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重要特点：

1. 一种强的峰检测算法，拥有可编纂的参数，例如m/z容差、降噪、峰宽、蕴含提交质量列表的工具
。

2. 自动滑润和色谱解卷积
。

3. 同位素包膜的鉴别
。

4. 正确分配MS/MS光谱的前体m/z和电荷态
。

5. 查看和导出分歧的色谱图（总离子色谱图、提取离子色谱图、基峰色谱图）
。

6. 矫捷的MS/MS簇算法
。

7. 使用用户指定的m/z和保留功夫公差进行高效峰对齐
。

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靠得住的高通量聚糖鉴定

GlycanExplorer支持多种糖链分析工作流程，援手您有信心鉴别糖链结构
。

• 使用来自尝试MS1数据、离子种类和其他尝试信息的化合物的正确质量，该软件能够靠得住的预测候选聚糖结构
  。

• 该软件还能够通过将尝试产品离子（来自MS/MS扫描）与其数据库中可用的聚糖特异性in-silico碎片匹配，正确预测候选聚糖结构
  。

• 借助内置或自界说创建的高分辨率正确质量（HRAM）糖链谱库，该软件允许您通过比力尝试MS/MS谱图与参考谱图来鉴别可能的糖链
  。

• 该软件引入了一种特有的糖链结构汇报机造，结合了in-silicp仿照和光谱模式匹配搜索步骤的可信度
  。此工作流程先通过将尝试MS/MS片段与聚糖特异性in-silico碎片匹配来鉴别候选聚糖，而后将这些尝试光谱与HRAM参考光谱库进行比对
  。

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重要特点：

1. 适应MS1和基于MS/MS的聚糖鉴定的工作流程，用于直接输注、LC、MALDI-MS/MS工作流程天生的数据
。

2. 支持全数重要的还原端荧光团，如2-氨基苯甲酰胺（2-AB）、2-氨基苯甲酸（2-AA）、GlycanWorks RapiFluor-MS、普鲁卡因胺（ProcA）等
。

3. 一次性分析多种离子组合的数据
。

4. 为高可信度聚糖鉴定设置阈值分数的工具
。

5. 多个过滤器以削减误报
。

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实时优化

在尝试室钻研中，实时优化对于纠正谬误并在相当短的功夫内实现预期输出是必要的
。GlycanExplorer为您提供了使用一组优化的搜索前提（例如异构分组的保留功夫容差、聚糖分组、尺度化战术等）对数据集沉新运作分析的职能，而不会覆盖先前分析的了局
。因而，您能够分析在分歧参数集下获得的了局，以急剧得出有意思的推论
。此表，GlycanExplorer允许您天生交互式图表和画图以查看分析的输出，并优化适合您的数据的搜索参数
。

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重要特点：

1. 多个参数微调优化的搜索了局
。

2. 交互式图表和画图以查看参数
。

3. 将优化后的参数集保留为新步骤以备未来使用
。

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带注解的色谱图和质谱图

GlycanExplorer通过天生带注解的色谱图和光谱图援手您查看数据
。它显示全数三个色谱图，总离子色谱图（TIC）、基峰色谱图（BPC）、提取/选择离子色谱图（XIC/SIC），并标注了聚糖组成和保留功夫
。若是生物样品有多个技术沉复，软件也会显示叠加色谱图
。

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为了直观的验证汇报的候选聚糖结构的正确性，软件会显示带注解的质谱和镜像图
。

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GlycanExplorer有一个专用的Spectrum面板，可显示已鉴别聚糖的具体信息以及它们的尝试色谱信息
。

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重要特点：

1. 带有明确界说的同位素体和聚糖结构的注解MS1谱图
。

2. MS/MS谱图用特定结构的特点离子和聚糖结构进行注解
。

3. 镜像图显示MS/MS光谱数据库搜索的效能
。

4. 丰硕的数据和显示参数天生您选择的色谱图或质谱图
。

5. 显示具体的聚糖信息和相应的尝试和色谱细节
。

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了局的显示和多糖图谱

GlycanExplorer提供分层数据组织模型
。它显示对齐的峰列表，能够进一步逐步扩大以查看生物样本、它们的技术复造和相应的同位素体
。该软件汇报识此外聚糖结构及其成分
。

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对于每组搜索了局，该软件允许您微调参数并实时比力输出，援手您找到适合您的样本数据的优化参数组
。

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该软件可天生频率表、离子丰度表、交互式条形图和饼图，覆盖您的数据
。

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重要特点：

1. 丰硕的分层数据组织，可顺次发展查看全数样本和沉复信息
。

2. 频率表和离子丰度表提供样品中聚糖的定量汇总
。

3. 交互式条形图和饼图有助于可视化样品的聚糖谱
。

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GlycanExplorer工作流程：

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使用MS1 Spectra对N-聚糖进行高通量分析

GlycanExplorer支持使用MS1光谱对衍生和天然（游离还原端）聚糖样品进行N-聚糖分析
。支持的衍生步骤是全甲基化和荧光团象征的还原结尾建饰
。作为先决前提，用户须创建蕴含精选N-聚糖结构的自界说数据库，保留尝试信息（如仪用具体信息、电离技术、衍生化、还原结尾荧光团），并存储特定结构的MS1光谱
。

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该软件接受尝试前体质量、离子种类、还原结尾荧光团信息作为输入，并在用户指定的质量容差内使用正确质量搜索汇报候选聚糖结构
。GlycanExplorer可在一次搜索运行中鉴别多个加合物组合的可能聚糖结构，从而节俭沉复分析所破费的功夫
。拥有低delta质量的聚糖得分高，并分配给感兴致的化合物
。

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数据库搜索实现后，软件会自动天生一个质谱，对已识此外LC化合物的每个同位素体进行注解
；鼓芄惶焐毯鸭鹁厶墙峁沟谋阈組icrosoft Excel汇报
。

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重要特点：

1. 高效的LC-MS峰检测和选择
。

2. 具体的数据库搜索参数和过滤器
。

3. 一次执行多个加合物组合的数据库搜索
。

4. 显示带有注解的LC-化合物同位素体的MS1谱图
。

5. 便携式Microsoft Excel汇报天生
。

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使用MS/MS Spectra对N-聚糖进行高通量分析

GlycanExplorer能够使用MS/MS数据有效鉴别糖链，用于直接输注、LC-、MALDI-MS/MS工作流程天生的天然（游离还原端）和衍生糖链样品
。支持的衍生步骤是全甲基化和荧光团象征的还原结尾建饰，例如2-氨基苯甲酰胺 (2-AB)、2-氨基苯甲酸 (2-AA)、GlycoWorks Rapi Fluor-MS、普鲁卡因酰胺 (ProcA) 等
。该软件接受尝试数据并天生候选峰列表（用于LC-MS和 MS/MS数据），进一步进行MS/MS数据库搜索以汇报候选聚糖结构
Ｄ芄坏汲鏊阉髁司忠约癕icrosoft Excel文件中的聚糖结构，以便于共享
。

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该软件合用于三种分歧类型的MS/MS数据库搜索步骤：

• in-silico Fragment Matching：在这种搜索步骤中，软件通过将尝试产品离子与指定指标数据库中可用的聚糖特异性in-silico片段进行匹配来汇报候选聚糖结构
  。

• 谱图匹配：借助内置或自界说创建的高分辨率正确质量 (HRAM) 糖链谱库，该软件允许您通过比力尝试MS/MS谱图与参考谱图来鉴别可能的糖链在指标数据库中可用
  。

• in-silico Fragment和Spectral Pattern匹配的组合：GlycanExplorer引入了一种特有的聚糖结构汇报机造，结合了in-silico和光谱模式匹配搜索步骤的可信度
  。工作流程鉴别候选聚糖，先通过将尝试MS/MS片段与聚糖特异性in-silico片段匹配，而后将这些尝试光谱（汇报拥有高于指定阈值的in-silico步骤的聚糖结构）与HRAM参考光谱库
  。

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重要特点：

1.?导入Thermo Scientific原生 .raw 文件体式并分配样本和沉复
。

2.?高效的LC-MS峰检测和选择
。

3.?用于指定具体数据库搜索参数和过滤器的专用窗口
。

4.??能够一次性使用多个加合物组合进行数据库搜索
。

5.?显示带注解的MS/MS谱图以及糖链结构
。

6.?便携式Microsoft Excel汇报天生
。

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系统要求：

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对于Windows	必要	推荐
CPU	Intel Core i5	i5 / i7
系统类型	64位	64位
内存	16GB或更高	32GB
硬盘空间	1TB	1TB或更高

Windows 支持的平台：Windows 7/Windows 8/Windows 10/Windows 11

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【英文介绍】

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GlycanExplorer is a one-stop software solution for bio-therapeutic glycan characterization and quantification. With pre-loaded high-resolution accurate glycan spectral databases, the software allows you to identify probable glycan structures with unparalleled confidence. Extensive and comprehensive data organization along with interactive charts and plots facilitates achieving detailed profiling of glycan samples, which further helps in drawing meaningful biological conclusions.

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GlycanExplorer Features

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High-Resolution Accurate-Mass (HRAM) Glycan Spectral Library

GlycanExplorer accommodates built-in HRAM glycan spectral libraries from various therapeutic glycproteins labeled with fluorophores such as 2-aminobenzamide (2-AB), RapiFluor-MS, Procainamide (ProcA) etc.

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The software accommodates spectral libraries of various monoclonal antibody (mAb) variants (Cetuximab, Ipilimumab, Infliximab, Pertuzumab, Golimumab, Nivolumab, and NIST mAb) and other glycoproteins such as Apotransferrin, Orosomucoid, Ovalbumin, RNaseB etc.

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Efficient LC-MS Peak Picking and Alignment

GlycanExplorer has a robust and efficient LC-MS and LC-MS/MS data processing algorithm for detecting LC peaks, and subsequent molecular feature finding from the raw data. The algorithm accurately detects LC-compounds along with their isotope envelopes. The algorithm helps in accurate assignment of precursor m/z values and the charge states for the MS/MS scans. It also enables you to submit a preferred mass list for peak detection and picking. This functionality significantly reduces the likelihood of LC-peaks not being detected for low abundant compounds in complex biological samples.

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If you have multiple technical replicates of your biological sample(s) of interest, GlycanExplorer allows you to align the detected peaks of a sample across all corresponding technical replicates within a specified m/z and retention time tolerance. This functionality helps you find valid peaks which are universally detected across all replicates and discard inconsistent peaks.

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Confident High-Throughput Glycan Identification

GlycanExplorer accommodates multiple glycan analysis workflows to help you identify the glycan structures with unparalleled confidence.

• Using the exact mass of a compound from the experimental MS1 data, the ion species, and other experimental information, the software can predict the candidate glycan structures with confidence.

• The software can also predict the candidate glycan structures accurately by matching the experimental product ions (from MS/MS scans) with glycan specific in-silico fragments available within its database(s).

• With the help of built-in or custom created High-Resolution Accurate-Mass (HRAM) glycan spectral libraries, the software allows you to identify probable glycans by comparing the experimental MS/MS spectral pattern with that of the reference spectra.

• The software brings in a unique mechanism of reporting glycan structures that combines the confidence of both in-silico and spectral pattern matching search methods. This workflow identifies the candidate glycans, first by matching the experimental MS/MS fragments with the glycan specific in-silico fragments, then by aligning those experimental spectra against the HRAM reference spectral libraries.

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Real-time optimization

Real-time optimization is indispensable in the laboratory studies to correct errors, and achieve the expected output in a considerably lesser time. GlycanExplorer offers the functionality for you to rerun an analysis over a dataset with a set of optimized search criteria such as, retention time tolerance for isomeric grouping, glycan grouping, normalization strategies etc., without overwriting the results of the previous analysis. You can therefore analyze the results obtained under different sets of parameters to quickly draw meaningful inferences. Additionally, GlycanExplorer allows you to generate interactive charts and plots to review the output of an analysis, and to optimize the search parameters best suited for your data.

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Annotated Chromatogram and Mass Spectrum

GlycanExplorer helps you see through your data by generating annotated Chromatogram and Spectrum plots. It displays all three chromatograms, Total ion Chromatogram (TIC), Base Peak Chromatogram (BPC), Extracted/Selected ion Chromatogram (XIC/SIC) annotated with glycan composition and retention time. If there are multiple technical replicates of the biological samples, the software displays overlaid chromatogram plots as well.

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To visually verify the accuracy of the reported candidate glycan structures, annotated mass spectra and Mirror plot are displayed by the software.

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GlycanExplorer has a dedicated Spectrum panel that displays detailed information of the identified glycans along with their experimental and chromatographic information.

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Comprehensive Result Display and Glycan Mapping

GlycanExplorer accommodates a comprehensive hierarchical data organization model. It displays the aligned peak lists which can be further expanded stepwise to view the biological samples, their technical replicates, and the corresponding isotopologues. The software reports the uniquely identified glycan structures, along with their components.

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For every set of search results, the software allows you to fine-tune the parameters minutely and compare the output in real time helping you to find the optimized parameter set for your sample data.

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The software generates Frequency table, ion Abundance table, interactive bar charts, and pie charts that gives a complete coverage of your data.