?

GPMAW是一种具体分析蛋白质和多肽一级结构的法式。固然沉点是质谱分析
，但您也会看到大量的物理/化学数据。

?

GPMAW法式重要用作蛋白质和肽的质谱分析工具
，然而
，好多其他生物信息学工具已被蕴含在内
，因而该法式的使用远远超出了单一的质量分析。

?

该法式可在自Windows 2000以来的全数32位版本的Windows上运行（即2000、XP、Vista、Win7）。它还将当前的64位版本上运行
，但尚未在此版本上全数测试。它还能够在带有Windows仿照器的Mac系统上运行
，但不能保障全数兼容。

?

序列处置：通过在Entrez和本地数据库（FastA体式和Swiss-Prot）中直接进行数据库搜索
，从多种分歧体式导入序列。序列能够保留在本地文件（数据库）中以备未来参考。

从序列窗口能够执行大量操作。序列能够以FastA体式导出（单个或全数序列一次）
，以便轻松传输到其他法式。

质量分析：能够通过自动步骤（例如界说酶作用的矫捷定名法）或手动切割蛋白质。肽显示有好多参数（各类质量值-mono、ave、charges-Bull&Breese指数、HPLC指数、pI、charge）并且能够进一步处置（例如cross-linked, new cleavage）。

能够在FastA体式的肆意本地数据库上执行肽质量搜索。

生物信息学：能够显示大量图表
，能够在本地数据库上执行BLAST搜索。使用Clustalw进行多沉比对。

CustalW可执行文件此刻是GPMAw包的一部门
，但在以前的版本中
，必要自己装置。

?

序列窗口

序列窗口是GPMAW的中心窗口
，是序列的默认视图。从这里您能够挪用大无数其他与序列有关的职能（通过菜单、工具栏或弹出菜单）。

?

?

显示器能够多种方式配置：

1或3字母显示
，

均匀质量/单同位素质量
，

固定残存宽度

拥有序列信息的侧边栏
，

显示二硫键、建饰残基等。

?

通过凸起显示序列的一部门
，您能够轻松获得给定肽的质量。为了便于导航
，您可以为特定的残留物上色（有三种分歧的色彩和下划线可用）。

?

大无数设置都能够在系统配置框中轻松预设。

?

序列窗口组成父窗口
，能够从中创建大量派生子窗口：

肽窗口

Ms/Ms窗口

大规模搜索、合成搜索

图表：Hydrophobicity,?secondary structure,?charge vs. pH,?dot-plot,?alpha-helical wheel

?

肽窗口

肽窗口通常通过自动提要号令从序列窗口挪用。但是
，还有其他步骤
，如手动或半自动切割。

?

?

肽窗口列出了将由给定蛋白质天生的全数肽以及大量（>20）物理化学参数

电荷-单个/多个/负/正

肽数、

地位、

HPLC指数

theoretical pI

Bull & Breese index

序列-1/3字母等

?

能够通过部门分切割（图中蓝色上标暗示）、建饰的结尾、建饰的残基（甚至以有限的方式支持部门建饰）天生肽。为了在序列窗口中更方便引用而着色的特定残基被带到该窗口。显示的现实参数能够由用户配置。

?

通过点击标题能够对肆意列进行排序。第二次单击会回转排序。

?

通过工具栏和/或弹出菜单（单击鼠标右键）
，您能够接见与消化（如仿照HPLC反相色谱图）或当前所选肽（ms/ms cleavage、肽信息、电荷与pH图）。

?

【英文介绍】

?

GPMAW is a program for the detailed analysis of the primary structure of proteins and peptides. While the focus is on mass spectrometricl analysis, you will also be presented with a large number of physical/chemical data.

?

GPMAW - General Protein/Mass Analysis for Windows

The GPMAW program is primarily intended as a tool for mass spectrometric analysis of proteins and peptides. However, a number of other bioinformatics tools have been included, so the use of the program extends far beyond simple mass analysis.

?

The program runs on all 32-bit versions of Windows since Windows 2000 (i.e. 2000, XP, Vista, Win7). It will also run on current 64-bit versions, but has not been thoroughly tested on this platforms. It can also run on Mac systems with a Windows emulator, but full compatibility is not guaranteed.

Except for the ms/ms search, the program does not need a strong processor or fast hard disk but can run on any system. Running the ms/ms search you need a screen with SVGA+ resolution, otherwise, you can even run it on a netbook.

?

Sequence handling: Import of sequences from a number of different formats with direct database search in Entrez and in local databases (FastA format and Swiss-Prot). Sequences can be saved in local files (databases) for future reference.

From the sequence window a large number of actions can be performed. Sequences can be exported in FastA format (either singly or all sequences at once) for easy transfer to other programs.

?

Mass analysis: The protein can be cleaved by automatic methods (e.g. a flexible nomenclature for defining enzyme actions) or manually. The peptides are displayed with a number of parameters (various mass values - mono, ave, charges - Bull&Breese index, HPLC index, pI, charge) and can be further worked upon (e.g. cross-linked, new cleavage).

Peptide mass searches can be performed on any local database in FastA format.

?

Bioinformatics: A number of graphs can be displayed, hydrophobicity, dot-plot, secondary structure prediction. BLAST searches can be performed on local databases. Multiple alignment using ClustalW.

The CustalW executable is now part of the GPMAw package, but on previous versions you have to install yourself.?

?